Sct. Mariæ kirke er oprindeligt en klosterkirke, opført som en del af det prægtige Karmeliterkloster (Vor Frue Kloster) i Helsingør af fattige hvidebrødre i perioden 1430-1500. Hvidebrødrene var tiggermunke, der kom til Danmark på foranledning af kong Erik af Pommern, der skænkede dem byggegrunden i Helsingør, og man siger, at disse meget lærde folk stod under Jomfru Marias særlige beskyttelse, hvorfor alle deres klostre var indviet til hende. I 1819 blev Sct. Mariæ Kirke den ene af byens dengang to sognekirker, men først i 1851 ophørte de tyske gudstjenester i kirken endeligt. Klostret vedblev derimod at være hospital helt op til 1916, hvor de sidste beboere flyttedes ud til byens nye alderdomshjem. I dag benyttes en del af klostret til Helsingørs Stifts administration, men adskillige af lokalerne står stadig som de gjorde i middelalderen og er sammen med kirken en af Helsingørs helt store turistattraktioner. Efter reformationen i 1536 blev klostret opløst og omdannet til et syge- og alderdomshjem i 1541 af Christian den Tredie. Man kaldte det Vor Frue Hospital eller Almindeligt Hospital. Klosterkirken var en tid dømt til nedrivning, men på foranledning af de mange hollændere og tyskere, der dengang boede i Helsingør, skænkede Frederik den Anden, der selv var af tysk afstamning, dem kirken, og i 1576-77 blev den indrettet til Helsingørs "tyske kirke" og administrativt adskilt fra hospitalet. Kirken, der sammen med klostret blev gennemgribende restaureret i 1900-1907 ved arkitekt og professor H. B. Storck, kan fremvise mange af sine oprindelige kalkmalerier og et interiør, der for store deles vedkommende er skænket kirken på Frederik den Andens tid. En stor attraktion er kirkens orgel, der stammer fra 1662-63, hvor organisten var den nok så bekendte komponist Diederich Buxtehude. Efter i 1854 og atter i 1959-60 at være stærkt forandret og ombygget, er det for nylig blevet nænsomt restaureret og til dels rekonstrueret, således at det i dag fremtræder som på Buxtehudes tid. De mange orgelkoncerter, der arrangeres i kirken er således en ganske særegen oplevelse, der tiltrækker et stort publikum.